國立臺南藝術大學應用音樂學系成立於2002年，為臺灣少數以「應用」為名之音樂科系，培養符合世界趨勢之人才，運用音樂藝術結合數位科技的轉化，帶動學術與市場同步脈動，每分每秒都在創造經典產值。


一、 設立宗旨
(一) 培養音樂工程及應用音樂創作、藝術行政之專業人才。
(二) 提升國內應用音樂之創作與執行素質，為國內應用音樂產業未來發展奠定穩固的基礎。

二、 設系目標
(一) 培養結合應用音樂與影像之工程與創作，並訓練跨領域、多元化藝術行政專業人材。
(二) 提升國內應用音樂之演奏與創作素質，為應用音樂未來發展奠定穩固的基礎。
(三) 建立實用與理論並重，並與全民文化生活息息相關的應用音樂學系。

三、 教育目標
(一) 培養跨領域之藝術行政人才。
(二) 培養兼具實務與理論之人才。
(三) 培養音樂工程及應用音樂創作之基礎實務人才。
(四) 培養應用、爵士、流行音樂之演奏及創作人才。

四、 系所未來展望
近一兩年為了增加學生的實務實習經驗，本系在寒暑假期間安排學生前往台灣各重要文化、藝術與音樂機構進行實習活動，並積極帶領學生參觀國際性展覽，拓展學生的國際觀並強化與華文文化創意產業學術社群進行對話與交流。此外本系也積極進行兩岸學術之交流活動，除了教師帶領學生至海外交流參訪外，不少大陸大專院校也積極欲與本系商討建教合作、締結姊妹系等方案。

從103年度起，每一年廈門理工學院都有學生前來本系學習專業錄音科目，因此針對專業錄音、爵士樂演奏創作以及動畫、電影配樂三個領域，兩岸師生的學術交流，將會成為本系未來工作重點之一，大幅擴增本系在大陸頂尖高校（北京電影學院、中央音樂學院..）的聯繫與合作。

此外，本系邀請台灣頂尖優秀的爵士樂音樂家來校任教，以充實爵士音樂演奏與創作的師資及課程，為本系近幾年內重要的發展方向之一，並且從爵士樂延伸至流行音樂領域，將本系變成南台灣應用與流行音樂人才培養與產業育成的重鎮，進而為台灣應用與流行音樂新潮流的搖籃。