國立臺南藝術大學應用音樂學系成立於民國九十一年，為臺灣少數以「應用」為名之音樂科系。其教育目標旨在培養學生具有音樂專業知能、專業技能、音樂創作和音效技術以及音樂行政等專業技能等能力，並自當年九月起開始進入系務營運，主要招收「音樂創作組」、「音樂工程組」及「音樂行政組」三個組別。

民國九十二年，於本校辦理校務發展研討會中，有多位專家學者建議本系增設「音樂治療組」。同時並考量當時本校一貫制音樂系並無招收管樂器考生，因而同步增設「音樂演奏組」，並自九十三學年度起，積極展開五組之招生業務。

民國九十五年，本系因考量演奏組兼任教師員額占缺比例日益嚴重，以及其所相對衍生琴房之需求問題，故決定自九十五學年度起，停止招收音樂演奏組，其餘四組正常招收。

民國九十六年，因考量音樂治療專業教師缺乏，且本校為藝術屬性學校，於醫學相關課程之執行較為困難，因此決定自九十七學年度起，停止招收音樂治療組，其餘三組則正常招收。

民國九十九年，基於本系課程規劃之整體考量，決議將工程組與創作組，兩組合併為一組，並於100學年度起開始招生。

民國一百零三年正式將「音樂行政組」更名為「藝術管理組」；「音樂工程創作組」更名為「音樂工程與創作組」。

民國一百零七年為鼓勵多元學習，將藝術管理及音樂工程創作兩項專業劃分五項專業學程：影像音樂創作學程、流行音樂創作學程、爵士音樂演奏學程、專業錄音學程、藝術管理專業學程。